Treći ciklus studija na Univerzitet u Sarajevu, na Farmaceutski fakultet Univerziteta u Sarajevu, predstavlja doktorski studij koji je namijenjen studentima koji žele nastaviti akademsko usavršavanje i baviti se naučno-istraživačkim radom iz oblasti farmacije i srodnih nauka. Ovaj ciklus studija omogućava sticanje naučnog zvanja doktora farmaceutskih nauka i predstavlja najviši nivo visokog obrazovanja. Pravo upisa na studij, pod jednakim uslovima, imaju kandidati iz Bosne i Hercegovine i inostranstva koji su završili integrirani univerzitetski studij farmacije, medicine, stomatologije ili veterine, kao i kandidati koji su stekli zvanje magistra iz oblasti hemije, biologije ili zdravstvenih studija. Kandidati koji su navedene studije završili prema predbolonjskom sistemu dužni su dostaviti potvrdu o ekvivalenciji završenog studijskog programa, kojom se potvrđuje da su ostvarili najmanje 300 ECTS bodova. Treći ciklus studija fokusiran je na razvoj istraživačkih vještina, kritičkog razmišljanja i samostalnog naučnog rada. Studenti tokom doktorskog studija pohađaju određene obavezne i izborne predmete, učestvuju u naučno-istraživačkim projektima, objavljuju naučne radove te izrađuju doktorsku disertaciju pod mentorstvom profesora.Trajanje trećeg ciklusa studija je tri godine (šest semestara), a studij se organizuje prema Bolonjskom sistemu obrazovanja. Tokom studija studenti prikupljaju ECTS bodove kroz nastavu, istraživački rad i izradu doktorske disertacije. Završetkom studija studenti stiču kompetencije za rad u akademskim institucijama, istraživačkim centrima, farmaceutskoj industriji, regulatornim agencijama i zdravstvenim ustanovama.Treći ciklus studija na Farmaceutskom fakultetu Univerziteta u Sarajevu pruža studentima mogućnost međunarodne saradnje, učešća na naučnim konferencijama i uključivanja u projekte sa domaćim i stranim institucijama. Na taj način studenti razvijaju naučne i profesionalne kompetencije koje su važne za dalji akademski i profesionalni razvoj u oblasti farmacije.